Fue creado como Ministerio de Justicia, Culto e Instrucción Pública por Ley de febrero de 1837. En 1887, la Ley de Ministerios dispuso que todo lo concerniente a las relaciones del Estado con la Iglesia y al servicio del culto fuese transferido al Ministerio de Relaciones Exteriores, modificando su nombre a Ministerio de Justicia e Instrucción Pública. En la Sección Justicia se radicaron funciones relativas a la organización y régimen funcionario de los tribunales de justicia, indultos y conmutación de penas, vigilancia y conservación de cárceles y de otros establecimientos penales, nombramiento y supervisión de notarios, conservadores y archiveros judiciales y la publicación de la Gaceta de los Tribunales, el Boletín de Leyes y Decretos y la estadística judicial. En 1899, por Ley N° 1.297, las secciones Justicia e Instrucción Pública se constituyeron en dos Departamentos de Estado, con plantas y funciones independientes, aunque siguieron siendo servidos por un mismo Ministro. Además de las funciones anteriores, a Justicia se le entregaron facultades para organizar e inspeccionar las casas de préstamos sobre prendas, conceder títulos de martillero público y personería jurídica a instituciones particulares. La reforma ministerial promovida en 1927, aprobada por el Decreto con Fuerza de Ley N° 7.912, amplió sus atribuciones al entregarle competencia en el estudio crítico de la legislación civil, penal y de procedimiento, organización del Ministerio Público y la regulación del Instituto Médico Legal y de los colegios de abogados. Con el objeto de adecuar su institucionalidad al proceso de regionalización implementado en el país, por Decreto ley N° 3.346 de 1980, se aprobó el texto de su Ley Orgánica que, entre otras materias, estableció que estaría compuesto por una Subsecretaría, las Secretarías Regionales Ministeriales de Justicia y la Oficina de Planificación y Presupuesto.
La Sección Subsecretaría de Justicia del Fondo Ministerio de Justicia, está organizada en las siguientes series documentales que comprenden el periodo de la dictadura civil militar:
- Decretos Supremos Exentos (1986-1990),
- Decretos Supremos con Toma de Razón (1973-1982),
- Decretos con Fuerza de Ley (1987),
- Documentos secretos (1974-184) serie digitalizada,
- Fichas de la Oficina Nacional de Retorno (1990-1994),
- Oficios (1973-1990),
- Providencias (1973-1990),
- Registros (1973-1990),
- Resoluciones exentas (1973-1990) y
- Resoluciones con Toma de Razón (1973-1990).
